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Pour faire une jointure entre 2 tables, est-il préférable de faire ceci :

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SELECT * 
FROM tableA, tableB 
	 WHERE tableA.refB = tableB.id ;

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SELECT * 
FROM tableA 
 INNER JOIN tableB 
  ON tableA.refB = tableB.id ;

• C'est une jointure que vous souhaitez faire, pas un produit
  cartésien
• Avec le INNER JOIN, on voit très clairement comment sont
  faites les jointures
• Le type de jointure (INNER, LEFT OUTER...) apparait de
  manière explicite
• Le INNER JOIN est beaucoup plus propre: on fait très
  clairement la différence entre les conditions de jointures (dans le
  ON) et les conditions de restriction (dans le WHERE)
• Cette clarté permet une meilleure localisation des bugs (en particulier sur des requêtes faisant intervenir
  plusieurs jointures)
• Pour effectuer certaines optimisations, le
  SGBD se base sur les jointures. Si à la place vous utilisez un produit
  cartésien, aucune optimisation ne sera effectuée
  
  

Avant MySQL 5, l'opérateur virgule (,) et JOIN avaient la même priorité, donc la jointure "t1, t2 JOIN t3" était interprétée comme "((t1, t2) JOIN t3)". Dans les nouvelles versions, JOIN est prioritaire et l'expression est interprétée comme "(t1, (t2 JOIN t3))".
Ce changement affecte les requêtes utilisant une clause ON, parce que cette clause peut uniquement faire référence aux colonnes des opérandes du JOIN, et le changement de priorité modifie ce qui est considérécomme opérande.

Exemple:

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CREATE TABLE t1 (i1 INT, j1 INT); 
CREATE TABLE t2 (i2 INT, j2 INT); 
CREATE TABLE t3 (i3 INT, j3 INT); 
INSERT INTO t1 VALUES(1,1); 
INSERT INTO t2 VALUES(1,1); 
INSERT INTO t3 VALUES(1,1); 
SELECT * FROM t1, t2 JOIN t3 ON (t1.i1 = t3.i3);

SELECT * FROM (t1, t2) JOIN t3 ON (t1.i1 = t3.i3);

SELECT * FROM t1 JOIN t2 JOIN t3 ON (t1.i1 = t3.i3);